Savez-vous que votre laitue est pleine de gènes ? Cette question, désormais classique dans les milieux de la diffusion scientifique, a servi il y a quelques décennies à focaliser sur tout ce que nous ignorons habituellement de notre alimentation. Bien sûr, la laitue est pleine de gènes tout comme notre corps, les pinces d'un homard et les yeux de l'aigle impérial. Mais de nombreuses personnes interrogées dans la rue frissonnaient à l’idée de manger des « gènes ». En fait, cette ignorance généralisée des bases de la biologie a servi à quelques groupes d’activistes pour promouvoir la peur des aliments génétiquement modifiés, une peur qui n’a aucun fondement scientifique.
Si nous devions chercher une question similaire à celle-là aujourd’hui, nous pourrions dire : Savez-vous que votre nourriture est porteuse de germes ? Cette semaine, le magazine Cell Press a publié le plus grand catalogue jusqu'à présent compilé de tous les composants microbiens présents dans les aliments les plus courants. C'est le plus grand atlas du microbiome alimentaire dont nous disposons aujourd'hui. Plus précisément, le contenu de plus de 2 500 aliments a été analysé et parmi eux, 10 899 microbes associés à l'aliment ont été identifiés. La moitié d’entre eux étaient inconnus jusqu’à présent.
En croisant cette base de données avec ce que nous savons jusqu'à présent sur le microbiome humain (c'est-à-dire la quantité de bactéries, champignons et autres organismes qui composent notre système digestif), il a été découvert que 3 pour cent du biote intestinal d’un humain adulte provient de ce qu’il mange. Dans le cas des enfants, ce pourcentage s’élève à 56 pour cent. Aujourd’hui plus que jamais, nous pouvons dire que «nous sommes ce que nous mangeons».
Un suivi aussi exhaustif du microbiome de nos sources alimentaires n’a jamais été réalisé auparavant. Jusqu’à présent, l’étude des composants alimentaires était réalisée de manière très fragmentée.
Différentes institutions ont étudié individuellement les propriétés de tel ou tel aliment. Avec l’arrivée de la métagénonique, les choses ont changé. Cet outil de recherche permet analyse de la structure de toutes les séquences génétiques isolées dans tous les organismes dans un échantillon global. Autrement dit, les gènes présents dans des milliers d’échantillons différents peuvent être étudiés en même temps. De cette manière, la capacité d’identifier les micro-organismes présents dans différents aliments a été considérablement accélérée.
Beaucoup de ces microbes sont essentiel pour que la nourriture soit comestible (par exemple, les bactéries qui participent à la fermentation du pain ou au processus de durcissement d'une saucisse). D'autres sont responsables de la saveur et de la texture des aliments et d'autres déterminent le degré de conservation des aliments et le moment où ils commencent à se détériorer.
La connaissance du microbiote des aliments est ancestrale. La fermentation du pain ou de la bière est connue depuis plus de 5 000 ans et n'est autre que l'action produite sur les céréales et l'eau par un micro-organisme vivant comme la levure. Nous avons donc toujours dépendu des microbes pour nous nourrir. Bien que le fonctionnement réel de ces processus et la catégorisation des organismes impliqués n’aient commencé à être compris qu’avec les travaux de Pasteur au XIXe siècle.
Cela aurait été un rêve pour lui d'affronter cette nouvelle liste de plus de 10 000 microbes associés aux aliments qui composent 1 306 espèces différentes de bactéries et 108 de champignons et qui sont présents dans tous nos aliments.
Les experts ont découvert que Les aliments des mêmes catégories ont tendance à contenir des microbes similaires. Par exemple, le microbiome des boissons fermentées (vin, bière, cidre…) est bien plus similaire entre eux que celui de ces boissons et légumes fermentés. Dans le cas des produits laitiers (qui ont été les plus étudiés), les variations sont plus importantes.
La question que nous nous posons tous face à cette abondance de microbes que nous ingérons est de savoir à quoi servent-ils et, surtout, à quel point ils peuvent être dangereux. L’étude n’a pas identifié de nombreux micro-organismes à potentiel pathogène dans l’alimentation habituelle. Mais certaines bactéries sur la liste peuvent être indésirables. Concrètement, ils ont réussi à isoler des micro-organismes qui, avec le temps, détériorent la saveur et la qualité des produits.
Ces informations sont très utiles pour l’industrie agroalimentaire. qui peut désormais avoir des objectifs concrets à attaquer pour améliorer la qualité de ses propositions.
La liste est également utile aux autorités réglementaires lorsqu'elles établissent des limites de présence de certains microbes dans les aliments destinés à la vente.
Mais l’application la plus importante de cette nouvelle étude est médicale. S'il est certifié que plus de 3 pour cent des bactéries présentes dans notre intestin proviennent de l'alimentation (c'est-à-dire que ce sont des microbes que nous n'aurions pas si nous ne mangions pas ce que nous mangeons), une question se pose. piste de recherche intéressante sur la façon de modifier notre microbiome par l’alimentation. Nous savons aujourd’hui que la composition bactérienne et fongique de notre corps est étroitement liée à la santé physique et mentale. Et pour le moment, nous manquons de mécanismes pour le modifier consciemment, au-delà de la prise occasionnelle d’un yaourt probiotique ou d’un supplément nutritionnel.
Nous sommes désormais plus près de comprendre comment la consommation de chacun des aliments courants (viande, poisson, produits laitiers, aliments fermentés, etc.) nous affecte et de personnaliser ces informations. À l’avenir, des régimes alimentaires individualisés pourront être conçus pour chaque patient, prenant en compte les carences de son propre microbiote et les avantages ou inconvénients de chaque aliment.
