La prise d'antibiotiques peut affecter la composition de la communauté bactérienne de l'intestin – le microbiome intestinal – pendant un certain temps, mais selon une nouvelle étude, l'impact de certains de ces médicaments peut durer jusqu'à huit ans.
La recherche, menée par des scientifiques de l'Université d'Uppsala (Suède) et publiée ce mercredi dans Nature Medicine, s'appuie sur l'analyse du microbiome de 15 000 personnes ; certains avaient pris des antibiotiques et d’autres non au cours des huit dernières années.
Bien que les antibiotiques protègent contre les infections graves, leur surutilisation augmente le risque de certaines affections, comme le diabète de type 2 et les infections gastro-intestinales. Les scientifiques pensent que les modifications du microbiome provoquées par ces médicaments pourraient être à l’origine de ces pathologies.
Mais si l’on sait que les antibiotiques ont un impact important à court terme sur le microbiome, leurs effets à long terme ont à peine été étudiés.
Pour le savoir, l’équipe a analysé le microbiome intestinal de 14 979 résidents en Suède et a comparé celui des participants qui avaient pris différents types d’antibiotiques au cours des huit dernières années et ceux qui n’en avaient pas pris.
Les analyses ont découvert des liens étroits entre l'utilisation d'antibiotiques et la composition du microbiome intestinal de chaque personne, y compris la diversité des espèces bactériennes.
« Nous pouvons constater que l'utilisation d'antibiotiques il y a quatre à huit ans est aujourd'hui liée à la composition du microbiome intestinal d'une personne. Même un seul traitement avec certains types d'antibiotiques laisse des traces », explique Gabriel Baldanzi, premier auteur de l'étude et ancien doctorant à l'Université d'Uppsala.
L'étude a été rendue possible grâce au registre suédois complet des médicaments sur ordonnance, qui contient des informations sur tous les antibiotiques distribués dans les pharmacies : « L'utilisation des antibiotiques est prise très au sérieux en Suède, et le pays a déjà mis en place une gestion stricte des antibiotiques », dit-il.
Tous les antibiotiques ne sont pas identiques
L’étude a révélé que les résultats différaient considérablement selon le type d’antibiotique utilisé.
Les associations les plus fortes ont été observées avec la clindamycine, les fluoroquinolones et la flucloxacilline, tandis que la pénicilline V – l’antibiotique le plus prescrit pour traiter les infections en dehors des hôpitaux en Suède – était associée à de petits changements de courte durée dans le microbiome.
« Le lien étroit entre la flucloxacilline à spectre étroit et le microbiome intestinal était inattendu, et nous aimerions voir cette découverte confirmée dans d'autres études », déclare Tove Fall, professeur d'épidémiologie moléculaire à l'Université d'Uppsala et chercheur principal de l'étude.
Fall pense que les résultats de l’étude peuvent contribuer à éclairer les futures recommandations sur l’utilisation des antibiotiques, « en particulier lorsqu’il s’agit de choisir entre deux antibiotiques tout aussi efficaces, dont l’un a un impact plus faible sur le microbiome intestinal ».
Étant donné que l’étude n’a porté que sur les prescriptions des huit dernières années, les scientifiques pensent qu’une étude avec une période de suivi plus longue pourrait fournir plus d’informations.
De plus, le microbiome intestinal n’a été échantillonné qu’une seule fois par participant, de sorte que l’équipe collecte actuellement un deuxième échantillon auprès de près de la moitié des participants.
« Cela nous permettra de mieux comprendre le temps de récupération et d'identifier les microbiomes intestinaux les plus susceptibles d'être altérés après un traitement antibiotique », conclut Fall.
